黑面琵鹭生态展示馆主要设有展示室区、生态影片多媒体放映室以及观景平台，这里主要介绍了黑面琵鹭的生命史、湿地生态状况，以及保育运动和永续发展的相关资料。 黑面琵鹭是一种珍惜鸟类，被列为濒临灭绝的动物，每年10月会有数百只黑面琵鹭从韩国或我国东北地区飞到七股曾文溪口来渡冬。除了黑面琵鹭，曾文溪出海口还有大约有200多种候鸟，冬天是此地最佳观鸟季节。