澳门海事博物馆位于妈祖阁前，陈列大楼就是当年葡萄牙人登岸之地。博物馆造型像一艘船，昔日的码头已经改为广场，可以在水池玩遥控模型船，也可以坐上模拟潜水器体验潜水的感觉。 展览馆分为海事民俗展览厅、海事历史展览厅、海事技术展览厅、水族馆四个区域。馆内充满了大海的气息，一楼墙上有一副巨型瓷砖画，刻画着各种罗盘方位标。 地下展厅主要介绍了澳门以及南我国地区渔民的民俗，可以看到各类船只，不同的渔具、服饰。“妈阁庙的故事”活动舞台非常吸引人，它把妈祖保护人们安全到达濠镜海港的美丽传说生动地呈现在观众的眼前。同时，备有葡语、国语、粤语和英语的旁白供选择。这里还有一艘很有地方特色的用鲸鱼骨制成的龙舟模型，当地人视为圣物。和一楼之间的阁楼部分则有10艘葡萄牙传统渔船的模型，通过附设的多媒体导览探究各船型的不同。 海事历史展览厅里展示着与中葡两国相关的海事历史，你能看到地理大发现时期葡萄牙航海家使用的船只模型。另外还有一座17世纪澳门的立体模型，清晰展示了各处炮台的方位。旁边展柜还有考古所得的沉船残件，一窥水下考古的奥秘。 上到二楼，可以看看有关航海技术、海上交通等的展览。在这里有八分象限仪、望远镜、罗盘等航海仪器，模拟展示了澳门航道的夜景。在北半球天空模型下，可以体验夜航看星宿，体会观星对航海的重要性。 博物馆另一大特色是有一个拥有4个水族箱的水族馆，分别展示淡水河流、海港水域、珊瑚礁、深海沉船的水滴环境。