莲花镇在望奎县的东北部，兴安山地和东北平原的过渡地带上。地形以丘陵、缓坡为主，地表起伏不大，它南接海丰镇，东接东升乡，北接海伦，西与厢白乡相接，西南、西北分别与灯塔惠七镇近邻，全镇共有十三个村、三十一个自然屯。