马屿镇在飞云下游中段南岸，市区西南17公里。因镇西有龟、蛇二山，合称马屿山，故名。东北接荆谷乡、东接江溪镇，南接篁社镇，西接顺泰乡、平阳坑镇，北濒飞云江，并界梅屿乡。全镇40.9平方公里，4.53万人。含3个居民区，45个村，镇政府驻双屿南路。