马店孜镇在利辛县城西南部，离城9公里，东靠西淝河，隔河与程集镇、双桥乡、春店乡相望，北与王市镇为邻，西与永兴镇相接，南靠茨淮新河，隔河与胡集镇、大李集镇相望。