百崎回族乡处于惠安县南部沿海，泉州湾北部，当洛阳江入海处。东与张坂镇交接，西与洛阳镇近邻，南与东园镇接连，西南与泉州市鲤城区东海乡及后渚港相望，北与东园镇接连。16.7平方公里。百崎至泉州、惠安有班车通行，至后渚港有客航汽艇，水陆交通便利。乡政府设在白奇村以东、里春村以西、莲埭村以北的高坡上。