因古飞仙关城而得名。清末民初，属水东乡辖地。民国25年（1936年），置飞仙乡联保。民国29年（1340年），改联保为乡（镇），先置飞仙镇，后改为飞仙乡。解放后，沿用飞仙乡名。1958年与凤禾乡合并建立白家店人民公社。1961年与凤禾划开为飞仙人民公社。1984年3月改公社为乡。2004年7月，又与凤禾乡合并为飞仙关镇。