毛藏乡在祁连山东部腹地，东接大红沟乡，西南与哈溪镇和青海省门源县相接，北接祁连和旦马乡，离县城168公里，总土地为586.4平方公里，占全县总土地的9.7%，其中牧草地占总土地的84.27%是我县纯牧业乡之一。