库都尔镇是1958年3月经呼伦贝尔盟批准建镇，因库都尔河流贯全镇依河命名。1954年以前库都尔原称“苦都尔”是蒙古语“有獐子的地方”，那时仅为一个居民点，属牙林努图克（区）管辖。1958年牙林努图克（区）分为三个镇，即为原林镇、库都尔镇、牙林镇（今乌尔其汗镇）。