孙吴县在黑龙江省北部、小兴安岭北麓、黑河市中部，北接黑河市爱辉区，南接五大连池市，西接嫩江县，东与逊克县近邻是黑河市的重要交通枢纽。边境线长35公里，与俄罗斯阿穆尔州的康斯坦丁诺夫卡区隔黑龙江相望。全县4318.9平方公里。含1个街道，2镇9乡（含1个民族乡）、94个村，2个国营农牧场、7个国有林场。10.42万人（2013年），有满族、达斡尔族、俄罗斯族、鄂伦春族等19个少数民族。