巨野县辖2个街道、15个镇：凤凰街道、永丰街道、龙堌镇、大义镇、柳林镇、章缝镇、大谢集镇、独山镇、麒麟镇、核桃园镇、田庄镇、太平镇、万丰镇、陶庙镇、董官屯镇、田桥镇、营里镇。县政府驻凤凰街道。