金朝时期(1175～1234年)，朱陈两姓始迁定居，称朱陈村，后因两家富户开店做生意改称朱陈店。明万历年间(1573～1620年)，庄氏做官为宦，发家崛起，于清朝中期改称大店。1940年前属莒县八区。1941年建立莒南县时设大店区。1947年撤销陡山区划入大店区。1950年11月以序号编为第三区。1956年改为大店区。1958年1月改称大店乡，8月成立旗帜人民公社，9月成立莒南人民公社时，改为大店生产管理区，10月改为大店人民公社。1961年8月改称大店区。1971年恢复大店人民公社。1984年5月改建为大店镇至今。